1.浮游动物
在北方池塘和沼泽中主要浮游动物有原生动物、轮虫、枝角类、桡足类。有调查结果显示我国养殖鱼塘原生动物以纤毛虫为主；轮虫以萼花臂尾轮虫、壶状臂尾轮虫等为主；枝角类以大型溞、隆线溞为优势种；桡足类以剑水溞和镖水溞为优势种。而这些都是蟹苗适口的饵料，因此培养浮游动物是提高扣蟹产量的方法之一。但当浮游动物太多时，由于耗氧量较大，容易造成水体缺氧，养殖中应注意水中溶氧的变化，特别是浮游动物密度较大时。如果出现缺氧，应及时换水，排掉部分浮游动物，补充新水。
2.浮游植物
经水库浮游生物资源调查，优势种为硅藻门的针杆藻。硅藻、绿藻、蓝藻三者生物总量占92%，北方鱼塘浮游植物量较高，平均值可超过100毫克/升。在大眼幼体下塘前施肥肥水，培育浮游植物，一般使用发酵粪肥、尿素等。在池塘、沼泽中浮游植物的作用主要有：提供饵料，大眼幼体下塘，可摄食浮游植物当作饵料，同时浮游植物作为浮游动物的饵料，间接提供给蟹苗；降低透明度，通过呼吸作用向水中补充溶氧；通过呼吸作用吸收水中NH₄+-N、NO₃-N、NO₂-N，降低水中有毒物质。当水质过肥时，浮游植物密度较高，pH容易升高，所以在肥水中注意pH的变化，同时夏季池塘中蓝藻容易形成“水华”，蓝藻大量死亡易引起水质变坏，应加大换水量，调节水质。
3.底栖动物
池塘底栖动物主要有昆虫及其幼虫，如摇蚊幼虫、蜻蜓幼虫。环节动物中的水蚯蚓、管水蚓、颤蚓、草丝蚓等属种类的幼虫。一般体长8-10毫米，多在有机肥料堆积处或丝状藻丛生处的底泥中裹缠；摇蚊幼虫在水中生活时间很短，并且在水底越冬，以死亡下沉的藻类为食，通常在春夏两季羽化成虫；蜻蜓幼虫在底泥上生活，不能游泳，爬行较慢。水生鞘翅目常见的有龙虱和牙虫，龙虱幼虫是河蟹极好的饵料。在以上这些生物中，蜻蜓幼虫、龙虱、红娘华、水蜈蚣对仔蟹的危害较大，特别是三期仔蟹以前，防治最好方法是清除淤泥，进水要经过60目纱网过滤，并严格消毒。然后经过施粪肥，肥水培育蟹苗的饵料。池塘沼泽中主要软体动物有田螺、螺蛳、蚌等。在扣蟹培育中，由于扣蟹较小，很难摄食到它们的成体，但其可在繁殖季节为幼蟹提供饵料，其幼体是扣蟹很好的饵料，同时软体动物成体可净化水质。池塘、沼泽中较少或没有时可适当接种。
4.水生植物
池塘中大型植物常见种主要有：大型藻类，如轮藻，此外水绵、水网藻、刚毛藻、毛枝藻、鞘藻也常见；漂浮植物，如浮萍；沉水植物，如菹草、角果藻、金鱼藻等；挺水植物，如芦苇、香蒲、莲等。这些水生植物大多是河蟹养殖的优质天然饵料，轮藻、金鱼藻、浮萍等还可为河蟹提供栖息场所。河蟹只能在水中做短暂的游泳，大部分时间爬到各种浮叶植物上栖息和觅食，水草为河蟹创造生活空间。为河蟹提供隐蔽物，降低互相残杀和遭到其他敌害侵袭的几率。水草可为河蟹提供植物饲料，补充动物性饲料中维生素的不足。此外，水草中还含有钙、磷和各种微量元素，加之水草中含有粗纤维，更有助于河蟹对多种食物的消化和吸收。池塘中水草，不仅可在光合作用的过程中不断地向水中释放氧气，使溶氧处于饱和状态，同时还可吸收塘中不断产生的氨态氮、二氧化碳和各种有机分解物，对于调节水体的pH、溶氧，稳定水层都有着重要的作用。
5.游泳动物
扣蟹养殖主要敌害生物来自于水中。据有多年养殖经验的人介绍，水中如果有鲫、鲇、黄颡鱼、乌鳢、鲤等肉食和杂食性鱼类，扣蟹产量一般不会太高，特别是有凶猛性鱼类时对产量的影响更大。因此防止这些鱼类出现在扣蟹养殖池中，首先要对养殖池塘进行彻底消毒，用生石灰75-100千克/亩，杀死池中鱼类和鱼卵。如果是老池塘，应先用0.2毫克/升速灭杀丁杀死池中甲壳类。进水时严格过滤，防止鱼类和鱼卵通过换水进入池中，池中若有其他小型杂鱼，通过下地篓、罾网等清除，，若池中仍有残留的上一年的扣蟹，可下地笼起捕。总之，尽量做到没有敌害。
水老鼠是扣蟹的一大天敌，它不仅能吃掉扣蟹，而且破坏堤坝，造成堤坝漏水。防治方法：在扣蟹塘防逃墙周围放老鼠药，并通过人为捕杀消灭老鼠。
水蛇、青蛙也是扣蟹养殖一大敌害，水蛇和青蛙直接摄食幼蟹，检查发现，每只青蛙每天要摄食近百只一期幼蟹，而且青蛙在水中产卵，蝌蚪摄食水中枝角类、桡足类等幼蟹饵料，蝌蚪长大后直接摄食幼蟹，危害极大，应彻底清除。水蛇、青蛙主要通过人工捕捉的方法清除，水中有蝌蚪可在水中投10毫克/升茶籽饼彻底清除。
水鸟也是扣蟹养殖的主要敌害之一，我们可以通过人为轰赶，将其驱逐开。